En mai 2023, la Direction de la protection des populations (DDPP) a opéré un contrôle sanitaire de l'enseigne phare bordelaise du cannelé Baillardran. Elle y a révélé des pratiques qu'elle a estimé non conformes à sa communication, qui repose "sur une image de produits haut de gamme, de qualité supérieure à celle des concurrents".

Pour le ministère public, les procédés employés par Baillardran constituent des pratiques commerciales trompeuses pour le consommateur, car elles reposent sur des allégations fausses ou sur l'omission d'informations.
A l’audience, début décembre 2024, le ministère public a requis la condamnation de l’entreprise à 800.000 € d’amende, dont la moitié ferme, et l'obligation d'afficher la décision en magasin.

Dans un jugement du 16 janvier 2025, le tribunal correctionnel de Bordeaux condamne Baillardran à une peine de 100.000 € d’amende, pour pratiques commerciales trompeuses,
notamment sur la fraîcheur et les ingrédients de ses produits.

L'enquête a révélée que l’enseigne congelait les cannelés et autres macarons invendus puis les remettait en vente décongelés le lendemain alors qu'ils étaient garantis "frais du jour" par la société.
En outre, certaines boutiques éloignées de Bordeaux vendaient "exclusivement des cannelés décongelés".
Le parquet estimait également que "la traçabilité des produits et ingrédients" n’était pas non plus assurée.

Par ailleurs, l'enquête a révélé des modifications dans la recette :
- le lait était en réalité du lait en poudre ;
- la "vanille bourbon de Madagascar" était en fait de "l’arôme industriel" pour les cannelés classiques et, pour la version "pur vanille", le fabricant utilisait "essentiellement de l’arôme de synthèse et une faible quantité de vanille non bio" ;
- à la place du "rhum ambré /vieux", Baillardran utilisait en fait du "rhum blanc contenant du colorant" ;
- le beurre a disparu de la recette.