En 11 juin 2014, à la suite du contrôle douanier d'un véhicule conduit par un homme ayant mené à la saisie de produits stupéfiants et au placement en garde à vue de l'intéressé, une information judiciaire a été ouverte, des chefs d'infractions à la législation sur les stupéfiants, au cabinet de l'unique juge d'instruction du tribunal de grande instance (TGI) de Lons-le-Saunier.
Le conducteur a été déféré et mis en examen à l'issue d'un interrogatoire de première comparution effectué par le vice-président chargé des fonctions de juge des enfants, qui a été désigné en tant que "suppléant" du juge d'instruction par ordonnance de répartition des services du président du tribunal en date du mois de décembre 2013.
A l'occasion d'un interrogatoire effectué en juillet 2014 par l'unique juge d'instruction du TGI de Lons-le-Saunier, le conducteur a mis en cause un homme en tant que commanditaire du transport de produits stupéfiants auquel il avait participé. Cette mise en cause a été corroborée par le résultat d'investigations effectuées par les gendarmes en exécution d'une commission rogatoire, délivrée par le vice-président chargé des fonctions de juge des enfants désigné en tant que "suppléant" du juge d'instruction, à la suite de la mise en examen du conducteur.
Le commanditaire a été interpellé en octobre 2015 en exécution d'un mandat d'arrêt délivré par le juge d'instruction ayant succédé à l'unique juge d'instruction du TGI de Lons-le-Saunier et mis en examen le même jour des chefs susvisés. Par requête en date du mois de janvier 2016, le conseil du mis en examen a saisi la chambre de l'instruction d'une demande d'annulation de l'ordonnance de répartition des services en date du mois de décembre 2013, en ce qu'elle désignait le vice-président chargé des fonctions de juge des enfants en qualité de suppléant du juge d'instruction, des actes accomplis par ce magistrat et des actes subséquents comprenant la mise en examen du requérant.

Le 6 avril 2016, la chambre de l'instruction de la cour d'appel de Besançon a rejeté la requête en nullité de la procédure présentée par le conducteur tendant à l'annulation de l'ordonnance de la présidente du tribunal de grande instance de Lons-le-Saunier désignant le juge des enfants comme suppléant du juge d'instruction, et de tous les actes accomplis par ce juge incompétent.

Le 15 novembre 2016, la Cour de cassation a cassé l’arrêt de la chambre de l'instruction de la cour d'appel de Besançon, au visa des articles 50, alinéa 4, 84, alinéas 3 et 4, 591 et 593 du code de procédure pénale. Elle a indiqué qu'il se déduit des deux premiers de ces textes, tels qu'interprétés de manière constante par la chambre criminelle, que le président du tribunal de grande instance n'est compétent, lorsque le juge d'instruction saisi du dossier est empêché, pour désigner celui des juges du tribunal qui le remplacera que si, d'abord, il n'a pu désigner un autre juge d'instruction pour le remplacer, si, ensuite, un autre juge d'instruction n'a pas été désigné en application des dispositions de l'article 50 susvisé, et si, enfin, l'urgence et l'impossibilité de réunir l'assemblée générale des magistrats du tribunal ont été constatées.
Elle a également précisé que tout arrêt de la chambre de l'instruction doit comporter les motifs propres à justifier la décision et répondre aux articulations essentielles des mémoires des parties et que l'insuffisance ou la contradiction des motifs équivaut à leur absence.
En l’espèce, la Cour de cassation a estimé qu'en statuant ainsi, en s'abstenant de rechercher si les conditions précitées étaient réunies, la chambre de l'instruction n'a pas justifié sa décision.